Régions riches en GC
Régions riches en AT
Taille du fragment d'ADN
Problèmes possibles
Quelles sont les conséquences possibles d'un ADN matrice riche en GC ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Les 3 liaisons H entre C et G sont plus difficiles à rompre. Un double brin G-C est donc une structure stable.
Solutions
Comment peut-on remédier à ces problèmes ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Puisque le duplex riche en C-G est trop stable, on va chercher à le déstabiliser (à l'aide de DMSO par exemple)
Risque
Quel est le problème possible lié à une séquence riche en AT ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Une amorce riche en AT aura une température d'hybridation faible. A faible température, l'agitation thermique est moindre et les associations non spécifiques (donc avec une moindre affinité) ne sont pas rompues.
Conséquence ?
Quelle pourrait être la conséquence de l'hybridation non spécifique des amorces ?
Votre choixChoix attenduRéponse
S'il y a des hybridations non spécifiques des sondes, alors on risque de voir apparaître des bandes en plus de l'amplicon recherché (de moindre intensité car l'hybridation se fait tout de même préférentiellement au niveau de la séquence cible)