PCR vs qPCR
Quelle est la caractéristique de la qPCR qui la distingue de la PCR traditionnelle ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Propriété du SYBR Green
Dans quelle condition le SYBR Green fluoresce-t-il le plus ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Application
La qPCR enregistre la fluorescence émise à chaque cycle. A quelle phase du cycle va-t-on mesurer la fluorescence du SYBR Green ?
Votre choixChoix attenduRéponse
La fluorescence du SYBR Green est maximale lorsqu'il est associé à l'ADN double brin. On se placera donc au moment où on a le plus d'ADN double brin soit en fin d'élongation.
to quench = éteindre en anglais.
Dans le contexte de la qPCR, un quencher est une molécule qui "éteint" la fluorescence en absorbant la fluorescence émise par le fluorophore lorsqu'il se trouve à proximité
Propriété Taq polymérase
Outre sa fonction ADN polymérase 5'-3', quelle activité de la Taq polymérase est requise pour la détection à l'aide d'une sonde Taqman ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Conséquence
Quelles conséquences va avoir cette activité exonucléase 5'-3' de la polymérase ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Lors de l'élongation, la Taq polymérase va hydrolyser la sonde qui se trouve sur son chemin. Le fluorophore se retrouvera ainsi séparé du quencher et sa fluorescence pourra être détectée.
Application
La qPCR enregistre la fluorescence émise à chaque cycle. A quelle phase du cycle va-t-on mesurer la fluorescence par la méthode TaqMan ?
Votre choixChoix attenduRéponse
La fluorescence apparaît lorsque la sonde est dégradée. Si on se place en fin de l'élongation, on est sûr qu'elle sera hydrolysée.
Détection de la fluorescence
Afin de détecter la fluorescence à chaque cycle, un appareil de qPCR doit coupler un thermocycleur à
Votre choixChoix attenduRéponse
Que se passe-t-il au cours de chacune des phases
arrêt de l'amplification lié à l'épuisement des réactifs et/ou à l'effet inhibiteur de l'accumulation d'ADN doublement détectable de la fluorescence émise à chaque cycle amplification insuffisante pour que la fluorescence émise se distingue du bruit de fond Plus d'éléments à catégoriser | | |
Cq
Votre choixChoix attenduRéponse
Cq et abondance relative d'une séquence dans un échantillon
La détermination de la valeur Cq peut être utilisée pour estimer l'abondance relative de la séquence cible.
Si Cq1<Cq2 ; que peut-on dire de l'abondance de la cible dans les échantillons 1 et 2 ?
Votre choixChoix attenduRéponse
Si le Cq est faible, cela signifie que la fluorescence est plus rapidement détectable.
On sait que le nombre de copies double à chaque cycle. Pour une même séquence cible, la fluorescence sera donc détectée d'autant plus vite qu'il y a beaucoup de copies présentes dans l'échantillon initial.
Par conséquent, si Cq1>Cq2, cela veut dire qu'il aura fallu plus de cycles pour que l'échantillon 1 atteigne un nombre de copies détectable. Il en avait donc moins au départ.
Cq et quantification absolue d'une séquence dans un échantillon
Comment faire pour déterminer précisément l'abondance d'une séquence cible dans un échantillon ?
Votre choixChoix attenduRéponse
La qPCr est un outil de choix pour quantifier l'expression d'un gène en quantifiant le nombre de copies d'un ARN donné dans un type cellulaire
Quand on veut quantifier les ARN, quelle étape préalable doit-on effectuer avant la qPCR ?
Votre choixChoix attenduRéponse
L'ARN est fragile et difficile à quantifier directement. On passe donc par une étape de transcription inverse (ou rétro-transcription) à l'aide d'un enzyme virale, la transcriptase inverse capable de synthétiser un brin d'ADN à partir d'une matrice ARN