Soit un fragment d'ADN de 12 kb pour lequel on dispose de 10 amorces.
Orientation des amorces
Pour chacune des amorces, indiquer le sens de l'élongation
amorce 9 amorce 2 amorce 4 amorce 8 amorce 10 amorce 6 amorce 1 amorce 5 amorce 7 amorce 3 Plus d'éléments à catégoriser | de gauche à droite Déposez ici de droite à gauche Déposez ici |
Les amorces sont complémentaires et antiparallèles au brin matrice. L'élongation se fait dans le sens 5'-3' soit à partir de l'extrémité 3'.
On repère donc l'extrémité 3' de chacune des amorces.
Les amorces complémentaires au brin du haut sont orientées 3'-5' ; comme l'élongation à besoin d'une extrémité 3'-OH libre, elle se fait donc de droite à gauche.
Les amorces complémentaires au brin du bas sont orientées 5'-3' ; l'élongation se fait donc de gauche à droite.
Amplification ?
Pour chacun des couples d'amorces proposé, indiquer si une amplification par PCR est possible
9 et 10 1 et 6 4 et 6 2 et 3 3 et 10 8 et 9 5 et 8 Plus d'éléments à catégoriser | PCR possible Déposez ici PCR impossible Déposez ici |
Pour que l'amplification soit possible, il faut :
d'une part que les amorces soient sur chacun des 2 brins (on exclut ainsi les couples 1-6 et 3-10)
Absence d'amplification quand les 2 amorces ne sont pas sur le même brin d'autre part qu'elles encadrent la région à amplifier (on exclut 8-9 ; 2-3 et 5-8)
Absence d'amplification si les amorces n'encadrent pas une région commune
Il ne reste donc que les couples d'amorces 4-6 et 9-10 qui encadrent bien une région commune.
