On calcule les températures de fusion à l'aide de la formule de Wallace : Tm = 2(A+T) + 4(C+G)
Tm de l'amorce sens = 2x(4+6) + 4x(5+6) = 20 + 44 = 64°C
Tm de l'amorce antisens = 2x(6+7) + 4x(6+2) = 26 + 32 = 58°C
La température d'hybridation se situe 5 à 10°C au dessous de la température de fusion soit entre 54 et 59°C pour l'amorce sens et entre 48 et 53°C pour l'amorce antisens.
On commence par rechercher une zone de chevauchement des température d'hybridation. Ici, il n'y en a pas. On va alors utiliser la température de l’amorce la plus basse. On choisit donc 53°C (= valeur la plus élevée de l’intervalle correspondant à la plus faible Tm).
En effet, au-dessus de 53°C, il n’est pas sûr que l’amorce antisens s’hybride alors qu’en-dessous de 54°C, l’amorce sens va s’hybrider encore plus facilement (avec un risque d’hybridation non spécifique toutefois)
