Quelles sont les conséquences possibles d'un ADN matrice riche en GC ?
séparation incomplète des brins lors de la dénaturation
hybridation peu spécifique des amorces
formation de structures secondaires qui entraînent le décrochement prématuré de l'ADN polymérase
utilisation de stabilisateurs de l'ADN
utilisation de déstabilisateurs
Quel est le problème possible lié à une séquence riche en AT ?
structure secondaires fréquentes
pas de séparation des 2 brins
hybridation non spécifique de l'amorce
Quelle pourrait être la conséquence de l'hybridation non spécifique des amorces ?
synthèse plus efficace
amplification de régions différentes de celles recherchées
pas d'amplification
Quels sont les risques liés à l'amplification de fragments de grande taille ?
cassure des brins
dépurination qui arrête la synthèse
temps de synthèse trop long
Comment remédier aux problèmes soulevés à la question précédente ?
augmenter le pH de la réaction
réduire la durée de la dénaturation
réduire la durée de l'hybridation
utiliser une polymérase capable d'effectuer une relecture