Au début d'un cycle de PCR, de la température conduit à la de l'ADN matrice qui devient alors brin.
La de la température à l'étape suivante permet l' de l'amorce à l'ADN matrice par complémentarité des bases.
MAIS, l'ADN matrice et l'amorce sont chargés ; ils vont donc avoir tendance à ce qui ne facilite pas !
Les ions K+, chargés , sont attirés par les charges des groupements phosphate. Les charges sont alors .
Les ions K+ vont donc les forces de électrostatique. Le complexe ADN matrice - amorce est .
Quelle est la conséquence de la stabilisation par K+ ?
seules les hybridations spécifiques sont stabilisées
les hybridations spécifiques et non spécifiques sont stabilisées
seules les hybridations non spécifiques sont stabilisées
Quelle sera la conséquence d'une hybridation non spécifique de la sonde sur la PCR ?
la PCR sera plus efficace
on aura également des amplicons autres que celui recherché
on aura seulement l'amplicon recherché mais en moins grande quantité
Le brin matrice et l'amorce sont maintenus par
des liaisons covalentes
des liaisons électrostatiques
des liaisons hydrogène
Lorsque l'appariement n'est pas parfait, l'association entre les 2 brins
est affaiblie
est renforcée
En milieu aqueux, l'ion NH4+ est en équilibre avec l'ammoniac (). Le doublet d'électrons libre de la molécule d'ammoniac va rentrer avec les bases azotées (en particulier celles qui sont mal appariées) pour former des ce qui les brins mal appariés. Les amorces mal appariées vont donc se du brin matrice.
Seules les hybridations résistent.
